開採非再生資源勢必為南極帶來難以估計的影響。開採活動所需的基礎設施會導致地貌改變和陸地生物群流失，開採過程亦會影響永久凍土的分佈，在礦產加工過程中所產生大量的廢石和酸性廢水更會破壞海岸生態。南極冰蓋正為全球污染水平和氣候狀況提供了一個重要的基本參考指標，在採礦活動中所排放未經處理的廢氣，當中的懸浮粒子會污染冰蓋，並影響指標數據；另外，開採期間所產生的二氧化硫亦會窒礙地衣生長。
在滿佈浮冰的水域開採石油相當危險，若發生洩漏，滲入永久冰層下的油污將會難以全面回收，這些漏油甚至會被困在浮冰之間，並被帶到更遠的地方，使受污染的範圍更廣。以現有的技術在極地清除及處理漏油事故依然十分困難。
浮游生物和海洋生物對漏油事故及廢水排放尤其敏感，類似事故在北極經常發生，並影響當地的生態系統。離岸的石油開採更會擾動海洋沉積物，使海水變得混濁，嚴重干擾底棲和遠洋的海洋生物。
浮於海面的油污亦會對生活在海面或需要經常游上海面的生物造成極大傷害。大量油污會破壞企鵝毛層防水及保暖的特性，甚至造成大量死亡。油污被海洋生物直接攝取，通過食物鏈傳遞和累積至較上層的生物，例如鳥類和海豹，繼而污染整個食物鏈系統。
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